Dat zijn wel kleine schroefjes om underlayment mee vast te zetten.
De grootte is op zich niet zo belangrijk als de kop van de schroef maar ongeveer gelijk ligt met de bovenkant van de plaat, in uw geval zitten ze erg diep.
Als het dak niet belopen wordt zou ik de schroefgaten niet opvullen, wordt het wel belopen dan zou een naaldhak, een steentje of andere ongerechtigheden schade kunnen veroorzaken, kleine kans natuurlijk maar het zou kunnen.